Plus tard au Muséum, l’ADN de chaque échantillon sera extrait et amplifié avant que certains fragments en soient séquencés. Parmi les régions séquencées, un gène mitochondrial codant pour une enzyme nécessaire au métabolisme intéresse particulièrement les taxonomistes car il est présent dans tous les organismes vivants et il est spécifique à chaque espèce : il permet donc de les différencier, comme un code barre pour les articles d’un supermarché. Le séquençage de ce gène constitue donc ce que, par simplification, on appelle le barcoding.

La première application du barcoding est la détermination des espèces : deux animaux peuvent fortement se ressembler et pourtant ne pas appartenir à la même espèce ; inversement, deux animaux peuvent paraître différents au point de suggérer – à tort – qu’ils appartiennent à deux espèces différentes.  Comme dans la police scientifique, l’ADN permet de séparer ces faux amis et vrais faux semblables plus objectivement que la morphologie ou l’anatomie.

La seconde application du barcoding est son utilisation dans la construction des phylogénies c’est-à-dire la reconstitution d’arbres de parenté qui traduisent les relations entre groupes.